包工头拖欠3000元可以立案，但实际情况比法律规定要复杂。第一、包工头拖欠多少人的工资以及拖欠工资总额。如果仅拖欠一个人工资3000元，立案的可能性不大。
第二、拖欠工资时间，包工头拖欠农民工工资时间越长，拖欠工资越多，立案的可能性越大。
第三、也是最重要的因素，即包工头的实际情况，如果包工头有钱不支付，性质就变了，公安机关必须立案。
根据提供的信息，包工头拖欠农民工1000多元是可以立案的。无论是起诉金额的大小，只要符合立案标准法院都会受理。一般情况下，这并不属于刑事或行政案件，而是可以通过民事诉讼解决的问题。如果被拖欠的是1000元或者更少，这种情况可以被视为治安案件，由公安机关介入调查，并在查明事实后给予相应的治安管理处罚。
此外，《劳动保障监察条例》也提供了关于拖欠工资的解决方案。如果遇到拖欠工资的情况，可以向当地劳动和社会保障局设立的劳动监察大队投诉。他们有权责令企业限期支付工资，并且在企业逾期未支付的情况下，可以向劳动者加付赔偿金。
然而，如果情况涉及到劳动争议和拒不支付劳动报酬的行为，可能会受到法律的更严厉制裁。《劳动法》和相关法规规定了拒不支付劳动报酬罪的刑事责任，包括可能的刑事处罚。具体来说，如果拖欠金额达到了一定数额，并且有能力支付却不支付，这种行为可能构成犯罪，将面临刑事处罚。