股权转让协议一式两份是有效的。根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，只要当事人采用合同书形式订立合同，并且双方都签名、盖章或者按指印，那么合同就成立了。
因此，只要两份协议都被正确地签署和盖章（或按指印），它们就都具有法律效力。
这意味着，如果其中一份协议丢失或损坏，另一份协议仍然可以作为法律证据使用。
不一定包含债务。
因为股权转让的具体内容和条件取决于合同的约定以及当事人之间的谈判，有些情况下股权转让会包含债务，但有些情况下则不包含债务。
同时，在进行股权转让时，我们需要了解债务和股权的关系，对于转让方而言，如果股权转让前公司存在债务，那么这些债务也会随着股权转让一起转让；而对于受让方而言，需要在转让前通过尽职调查确定公司的债务情况，以选择是否接受股权转让。
因此，在进行股权转让时，我们需要对合同中的具体条款和公司的债务情况做进一步的了解和分析，不能一概而论。