如果饿了么超时退款后商品已经被配送员送到了，你需要先确认商品是否完好无损，如果完好无损，那么可以正常食用。但如果商品有损坏或变质等问题，建议及时联系商家或饿了么客服进行投诉和退款，以确保自身权益。同时，为了尽量避免类似问题的出现，建议在购买食品时选择有口碑和信誉保障的商家，并多注意商品保质期和配送时间等要素。
饿了么超时一单扣5元钱。
因为饿了么要求骑手在规定的时间内送达订单，如果超时则需要扣除违约金，一般为5元钱。
需要注意的是，如果骑手在取餐前取消订单，则不会扣除违约金。
同时，如果因为顾客原因导致订单延误，也不会扣除违约金。
当饿了么订单因超时而触发退款后，关于商品的后续处理，实际上会根据具体情况和商家的策略有所不同。以下是可能的情况和建议：
商品保留：有些商家在收到退款请求后，会选择保留已制作的商品。这可能是因为商品已经接近完成，重新制作或处理可能会增加成本。在这种情况下，商家可能会与顾客沟通，看是否可以取消退款，或者将商品以折扣价出售给顾客。
商品处理：对于无法再出售或重复使用的商品，商家可能会选择将其丢弃或进行适当的处理。例如，食品类商品可能会因为卫生和安全问题而不能再次出售，商家会按规定进行废弃处理。
退款与补偿：当订单因超时导致退款时，商家可能会选择提供其他形式的补偿，如优惠券、积分或其他形式的赠品，以表示对顾客不便的歉意。这样的补偿可以帮助商家维持与顾客的良好关系，并鼓励顾客再次下单。
预防与改进：对于商家来说，处理超时退款并不仅仅是解决当前问题，更重要的是预防类似情况再次发生。商家可能会分析导致超时的原因，如订单量过大、配送员繁忙或其他因素，并采取相应的措施进行改进，如增加配送人员、优化订单分配等。
综上所述，饿了么超时退款后商品的处理方式取决于多个因素，包括商家的策略、商品的性质以及顾客的意愿。对于顾客来说，如果收到退款，最好与商家沟通确认商品的后续处理方式，以免造成不必要的误解或浪费。同时，如果商家提供了补偿或解决方案，顾客也可以考虑接受或提出自己的建议，以共同促进更好的消费体验。