重庆自然博物馆具有丰厚的文化积淀，迄今已有90年不间断的历史。

该馆的前身为1930年卢作孚先生创办的“中国西部科学院”，以及1943年由十余家全国性学术机构联合组建的“中国西部博物馆”。1950年中国西部科学院和中国西部博物馆由西南文教部接管。1952年改为西南人民科学馆。1953年并入西南博物院，更名为西南博物院自然博物馆。1955年西南博物院改组为重庆市博物馆。1981年四川省人民政府在重庆市博物馆增挂 “四川省重庆自然博物馆”牌子。1991年重庆自然博物馆独立建制至今。