到广州东站乘坐广九直通车去香港，首先应当提前购买广九直通车的火车票，然后提前一个小时以上到达广州东站四楼，刷身份证进站通过安检后，持港澳通行证通过广州东站口岸边检和海关，再刷身份证检票进站乘车。
广深港高铁福田至西九龙段恢复运营后，增加了3个短途新站点，分别是广州东、东莞及东莞南，均采用“一地两检”的通关模式。
加上广州南站，旅客在这4个站，无须办理通关手续便可直接上车，乘高铁到达香港西九龙站后再进行通关检验，较以前“两地两检”模式，可节省时间20分钟左右。
但由于广州东站内空间有限，没有设置网约车上客点，大部分网约车聚集在林和西路东站3号门出站口对出路段等候，对道路上其他车辆通行造成极大影响。
又由于乘客与网约车驾驶员之间难以沟通指定地点，“人找不到车”“车找不到人”的现象越来越严重，乘客的出行体验感较差。