新农合低保户住院报销比例如下：
1、农村门诊报销比例是村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%；
2、镇卫生院就诊报销40%；二级医院就诊报销30%；
3、三级医院就诊报销20%。每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。农村住院报销比例是镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%。
低保户可以通过以下途径申请住房保障：
1. 向当地的民政部门申请住房保障。低保户可以前往当地的民政部门咨询和申请住房保障，具体的申请流程和办理材料要求可以咨询当地民政部门的工作人员。
2. 申请公共租赁住房。公共租赁住房是政府为低收入家庭提供的一种廉租住房，可以前往当地的公共租赁住房申请中心或房管局进行申请，申请时需要提供相关的身份证明和收入证明等材料。
3. 申请廉租房。低保户也可以通过申请廉租房来解决住房问题，具体的申请流程和办理材料要求可以咨询当地的房管局或相关部门。
由政府垫付。首先全部交清每人新农合费用，然后上解到农合办。手续办完后，再由政府出资，把低保户的医疗保险打到个人的卡上，完成退款。