有权的，店铺是从房东手里转让过来的，房东有权利收回去的。但是如果合同中有约定的情况下，房东属于是违约，要支付相应的违约金。
法律依据：《民法典》第五百七十七条;【违约责任】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。第五百八十三条;【违约损害赔偿责任】当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失
商铺加盖夹层是否合法，需要根据具体情况判断。一般来说，如果开发商在兴建商铺时的报建方案中存在夹层，那么开发商兴建的夹层是合法的；反之，如果报建的方案中没有夹层，兴建夹层可能被视为违法，不被允许。
此外，根据《房屋使用安全管理条例》，禁止任何单位和个人从事下列危害房屋使用安全的行为：
未经原设计单位或者具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，变动建筑主体和承重结构。
降低底层室内标高。
超过设计标准、规范，增加房屋使用荷载的。
安装设施、设备影响房屋结构安全的。
法律、法规以及（临时）管理规约禁止的其他危及房屋使用安全的行为。
商铺被房主卖了，但是租赁合同还是有效的，因为按照我国的民法典，租赁可能是不随那个店铺买卖关系改变而改变的，新房主一样要承认这个租赁合同。