要取消新农合自动扣款，可以前往当地的社保局或医保中心办理。需要携带身份证和医保卡，填写解除自动扣款的申请表，并进行确认。
也可以在新农合官方网站上下载解除自动扣款申请表，填写完毕后打印并签名，再将表格和相关证件邮寄给当地的社保局或医保中心。需注意的是，解除自动扣款后，需要自行缴纳新农合的医保费用，否则将影响到享受医疗保障的权益。
新农合转职工医保方式：须到参保地新农合经办机构办理停保。如在新农合启用社保卡的，停保时还需同时注销社保卡。
然后由本人向市社保中心提出医疗保险关系转移申请，凭转出地经办机构出具的 《参保（合）凭证》以及原参保地医疗保险缴费凭证，填写转移申请表，到市社保基金结算中心办理医疗保险关系和个人账户转移手续
因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。
新型农村合作医疗办公室报账：报账材料由个人拿到新型农村合作医疗办公室，由镇农医办呈报县农医办报账之后，由镇农医办电话通知前来领取报销费用。